KEGG Module 数据库的原理是什么
KEGG Module 数据库的原理是什么，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。
具有相同功能的基因被归类到kegg orthology 中，每个KO 代表具体的一个功能。在生命活动中，往往需要多个功能单位共同发挥作用，比如多个蛋白质构成复合体来发挥调控作用，此时多个KO就整合在了一起。这个例子说明在KO 之上，必然还存在一个分类系统，将参与同一过程的多个KO划分在一起。实际上，KEGG Module 数据库就是存储这种信息的数据库。
KEGG Module 数据库中的每条记录代表一个功能单元，是多个KO的集合,叫做kegg module, 通过大写字母M和数字进行标识；
module 数据库包含以下4大类别的功能：
pathway modules
structural complexes
functional sets
signature modules
更加详细的分类信息可以在brite 数据库中找到，见以下链接
http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko00002.keg
和pathway 类似，对于每条module 的记录，都有一张对应的图片，叫做module map。
M0002对应的map 如下图
结合其详细信息，我们来理解下module 的构成
从Definition 字段的信息，我们可以看到每个Module 有多个KO 构成，那么这些KO 之间有什么样的关系呢，这就要从definition 字段的定义说起！
被空白分隔的每个字段叫做1个block, M0002 可以分成以下5个主要的block
K01803
((K00134,K00150) K00927,K11389)
(K01834,K15633,K15634,K15635)
K01689
(K00873,K12406)
在这里，空格代表的是逻辑与 AND 的关系，表示这5个block 一起发挥作用；
在(K01834,K15633,K15634,K15635) block 中，逗号代表逻辑或OR的关系，任何一个KO都可以起到这个blcok的作用。
注意在 ((K00134,K00150) K00927,K11389) 中同时出现了逗号和空格，为了正确区分，还使用了圆括号。圆括号内为1个block, 所以K00134,K00150 为1个block, 这个block 和 K00927 用空白分隔，所以是AND关系，而逗号连接的是(K00134,K00150) K00927 和 K11389 两个block。 所以这个block对应的map 就是上图展示的那样。理解了definition 字段的信息，不难发现根据该字段的信息，可以计算出这个module 对应的map。
除了空格和逗号之外，definition 还会出现 +， - 。比如((K01878+K01879),K14164,K01880), 加号代表两个KO一起作为一个block发挥作用，对应的map 图为
减号代表可选项的意思，表示这个block可有可无。比如K01866 K01873 -K07587 -K11627 -K01884。减号连接的block 虽然可有可无，但是在map图中还是会出现的。
由于module 由KO 发展而来，所以module 也是跨物种的概念。对于每个物种而言，也有该物种对应的module, 比如M0000 在human中对应的记录为hsa_M00002；
在物种的module 中，根据包含的block的个数，可以划分成两类
complete module, 包含reference module 中所有的block;
incomplete module , 只缺少了1个或者2个block;
在物种对应的module map 中，会对该物种对应的KO高亮显示
总结
KEGG Module 数据库是对KO的整合，每个module 代表1个功能单元，是多个KO的集合；
Module 由block 构成，definition 字段的信息需要理解空格，逗号，加号，减号的不同含义，根据definition 字段的信息可以计算得到module map;
3.module 是跨物种的概念，最原始的叫做reference module, 定义了block的数量； 物种对应的module 根据包含的block的完整性，可以分为complete module 和 incomplete module; 在物种对应的module map 中，对应的KO会高亮显示
关于KEGG Module 数据库的原理是什么问题的解答就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，如果你还有很多疑惑没有解开，可以关注蜗牛博客行业资讯频道了解更多相关知识。
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：niceseo99@gmail.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
评论